Theo hồ sơ vụ án, Công ty Cửu Long là đơn vị trực thuộc Bộ Giao thông Vận tải. Bộ Giao thông Vận tải là chủ sở hữu tài sản quyền thu phí cao tốc TPHCM - Trung Lương. Công ty Cửu Long được Bộ Giao thông Vận tải giao thay mặt Bộ ký hợp đồng với công ty Yêu Khánh. Vì vậy, trong quá trình thực hiện hợp đồng, khi có vướng mắc phát sinh công ty đều báo cáo xin ý kiến và thực hiện theo ý kiến chỉ đạo của Bộ Giao thông Vận tải.

Với cương vị là Bộ trưởng Bộ Giao thông Vận tải(phẩy) ông Đinh La Thăng đã chỉ đạo cấp dưới thực hiện một số hành vi trái pháp luật. Từ đó, giúp công ty Yên Khánh (công ty của Út “trọc”) chiếm đoạt quyền thu phí tuyến đường cao tốc TPHCM – Trung Lương.

Ngày 1/1/2014, công ty Cửu Long bàn giao nguyên trạng hệ thống thu phí cho công ty Yên Khánh. Sau khi giành được quyền thu phí tuyến đường cao tốc TPHCM – Trung Lương thì Út “trọc” sử dụng hành vi gian dối, thay đổi phần mềm nhằm mục đích giảm doanh thu trên sổ sách, qua đó, chiếm đoạt tài sản của Nhà nước.

Công ty Yên Khánh đã báo cáo tổng doanh thu tuyến đường cao tốc TPHCM - Trung Lương từ năm 2018 đến tháng 6/2018 là 2.113 tỷ đồng. Đối với 6 tháng cuối năm 2018 do công ty Cửu Long và công ty Yên Khánh đang tranh chấp tại tòa quận Bình Thạnh (TPHCM) nên công ty Yên Khánh không báo cáo (dấu)

Công ty Cửu Long tiến hành kiểm tra, giám sát việc tổ chức thu phí tuyến đường cao tốc TPHCM - Trung Lương theo định định 6 tháng/lần.

Trong các đợt kiểm tra định kỳ, đoàn kiểm tra không hiện không ty Yên Khánh cài đặt phần mềm để báo cáo gian dối doanh thu thu phí tuyến đường cao tốc TPHCM - Trung Lương. Đồng thời, theo quy định "khi chưa được phép của Bộ Giao thông Vận tải thì bên B không được tự ý cải tạo, sửa chữa cơ sở vật chất trạm thu phí, thay đổi thiết bị, công nghệ thu phí".

Do đó, nếu có bổ sung phần mềm thì công ty Yên Khánh phải báo cáo công ty Cửu Long để báo cáo Bộ Giao thông Vận tải chấp thuận trước khi cài đặt. Tuy nhiên, trong 5 năm hợp đồng thì công ty Cửu Long không nhận được báo cáo nào của công ty Yên Khánh về việc thay đổi phần mềm thu phí tuyến đường cao tốc TPHCM - Trung Lương. Cơ quan điều tra xác định, việc làm trên của công ty Yên Khánh là vi phạm hợp đồng, gian dối, trái pháp luật.

Cơ quan điều tra xác minh lại Bộ Giao thông Vận tải: Quyền thu phí cao tốc TPHCM - Trung Lương là tài sản Nhà nước giao Bộ Giao thông Vận tải quản lý. Thực hiện chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ, Bộ Giao thông Vận tải đã chủ trì việc lập, hoàn thiện đề án bán quyền thu phí cao tốc TPHCM - Trung Lương theo hình thức bán đấu giá với giá khởi điểm được phê duyệt 2.004 tỷ đồng. Công ty Yên Khánh trúng đấu giá với giá bằng giá khởi điểm.

Ngày 3/10/2013, Bộ trưởng Đinh La Thăng ký Quyết định giao công ty Cửu Long ký kết hợp đồng và quản lý hợp đồng bán quyền thu phí trong thời gian quy định của hợp đồng. Quá trình phát sinh việc thanh toán không đúng quy định, vi phạm hợp đồng, quy chế bán đấu giá tài sản, công ty Cửu Long đã có 12 văn bản báo cáo Bộ. Theo thẩm quyền thì Bộ Giao thông Vận tải là người chấm dứt hợp đồng trước hạn khi nhà đầu tư vi phạm nghĩa vụ thanh toán.

Để làm rõ mối quan hệ giữa ông Đinh La Thăng và người của công ty Yên Khánh, cơ quan điều tra đã thu thập đã thu thập thư tín, điện tín. Theo đó, dữ liệu thu thập được từ mạng viễn thông, xác định có sự liên lạc giữa Đinh La Thăng và Út "trọc" có liên lạc trao đổi với nhau 22 cuộc gọi trong tháng 10, 11 năm 2013, 50 cuộc gọi, 35 tin nhắn trong năm 2016.

Đinh La Thăng và Dương Minh Tuấn (nguyên tổng giám đốc công ty Cửu Long) có liên lạc với nhau 3 cuộc gọi trong tháng 2/2012.

Út "trọc" và Dương Minh Tuấn đã liên lạc với nhau 24 cuộc gọi trong thời gian năm 2016-2017. Từ tháng 6/2016 - 7/2017, Út "trọc" đã liên hệ với các nhân viên công ty Yên Khánh 1981 cuộc gọi, 2103 tin nhắn.

Xuân Duy