Kết luận thanh tra xác định, Công ty Phát Tài thực hiện dự án thuộc trường hợp phải được UBND tỉnh chấp thuận chủ trương đầu tư, nhưng công ty này chưa lập thủ tục xin chủ trương đầu tư. Do vậy, công ty đã vi phạm quy định của Luật Đầu tư và quy định về khu vực cửa khẩu biên giới theo Nghị định số 112/2014/NĐ-CP của Chính phủ.
Địa điểm tập kết, kiểm tra, giám sát hàng hóa xuất nhập khẩu ở biên giới có diện tích 30.000m2 mà Công ty Phát Tài đề nghị Tổng cục Hải quan công nhận không phù hợp với Quy hoạch phân khu 1/2000 Cửa khẩu Kà Tum (nằm ngoài diện tích đã quy hoạch 9,16ha); không phù hợp với quy hoạch và kế hoạch sử dụng đất của huyện Tân Châu (không có trong danh mục công trình dự án thực hiện trong kỳ) và quy hoạch nông thôn mới xã Tân Đông. Các công trình xây dựng trong dự án đầu tư của công ty không có giấy phép xây dựng của cơ quan có thẩm quyền.
Công ty sử dụng sai mục đích 24.200m2, trong đó bà Cao Thị Bích Ngọc đã xây dựng 14.188,2m2 từ đất nông nghiệp làm nhà ở, sân phơi và các công trình khác chưa thực hiện thủ tục chuyển mục đích sử dụng đất. Công ty cam kết không đúng tài sản khi xin công nhận địa điểm tập kết, kiểm tra, giám sát hàng hóa xuất nhập khẩu ở biên giới. Lý do, Công ty Phát Tài không có đất hợp pháp, đất này là của bà Cao Thị Bích Ngọc, chưa chuyển thành đất của Công ty.
Kết luận thanh tra của UBND tỉnh Tây Ninh xác định trách nhiệm đối với các sai sót của các tập thể, cá nhân thuộc UBND huyện Tân Châu, Phòng Tài nguyên và Môi trường, UBND xã Tân Đông. Đó là thiếu kiểm tra, xử lý vi phạm; xác nhận, cung cấp thông tin dự án chưa chặt chẽ về mặt pháp lý, dẫn đến Tổng cục Hải quan công nhận địa điểm tập kết, kiểm tra, giám sát hàng hóa xuất nhập khẩu ở biên giới của Công ty Phát Tài không đảm bảo đủ điều kiện theo quy định. Việc lập Quy hoạch sử dụng đất đến năm 2030, Kế hoạch sử dụng đất năm 2022 của huyện Tân Châu có sai sót.
Khi xây dựng quy hoạch, kế hoạch sử dụng đất, UBND huyện không tích hợp quy hoạch nông thôn mới xã Tân Đông vào Quy hoạch sử dụng đất đến năm 2030, dẫn đến quy hoạch xây dựng và quy hoạch nông thôn mới không đồng bộ với quy hoạch sử dụng đất tại xã Tân Đông. Khi cho phép chuyển mục đích sử dụng đất, cơ quan chuyên môn không phát hiện bà Ngọc sử dụng đất và xây dựng công trình trái phép, vi phạm Quy hoạch phân khu 1/2000 Cửa khẩu Kà Tum; xây cất nhà sai vị trí được chuyển mục đích đất ở; xây dựng diện tích sân phơi lớn hơn diện tích xin chuyển mục đích sử dụng đất (diện tích xin chuyển khoảng 0,5ha nhưng xây dựng 1,4ha).
Đối với việc Tổng cục Hải quan công nhận địa điểm tập kết của Công ty Phát Tài tại Quyết định số 142/QĐ-TCHQ, theo Kết luận thanh tra, quyết định này không phù hợp với Nghị định số 67/2020/NĐ-CP của Chính phủ. Lý do là UBND huyện Tân Châu cung cấp thông tin cho Tổng cục Hải quan không đầy đủ; Công ty cam kết về tài sản không đúng; địa điểm tập kết không phù hợp với Quy hoạch phân khu 1/2000 Cửa khẩu Kà Tum, nằm ngoài diện tích 9,16ha đã quy hoạch kho bãi tập kết hàng hóa; vi phạm pháp luật về đất đai...
Kết luận thanh tra nhận định, nguyên nhân chính dẫn đến các vi phạm là do Công ty Phát Tài không thực hiện đúng quy định của pháp luật về đầu tư, đất đai, xây dựng, pháp luật về công nhận địa điểm tập kết hàng hóa.
UBND huyện thiếu trách nhiệm, xác định sai vị trí ranh giới Quy hoạch phân khu 1/2000 Cửa khẩu Kà Tum giữa bản đồ với thực địa; xác định sai mục đích loại đất cần chuyển mục đích (đất cơ sở sản xuất phi nông nghiệp thay vì đất thương mại dịch vụ); chưa chỉ đạo kiểm tra, giám sát dẫn đến bà Ngọc xây dựng, sử dụng đất sai mục đích quy hoạch; các thiếu sót, vi phạm tùy theo tính chất, mức độ sẽ được xử lý theo quy định. UBND tỉnh Tây Ninh đề nghị Cục Hải quan Tây Ninh báo cáo Tổng cục Hải quan, đề nghị thu hồi quyết định về việc công nhận địa điểm tập kết của Công ty Phát Tài, do dự án vi phạm các quy định thủ tục của pháp luật về đầu tư, đất đai, xây dựng theo như Kết luận thanh tra đã chỉ ra.
Ủy ban Nhân dân tỉnh chỉ đạo chấn chỉnh, tăng cường công tác quản lý Nhà nước về đất đai trên địa bàn; tiến hành tự kiểm tra các trường hợp tương tự để xử lý theo quy định, không để vi phạm xảy ra. Sở Kế hoạch và Đầu tư, Sở Xây dựng, Ban Quản lý Khu kinh tế tỉnh Tây Ninh, Sở Tài nguyên và Môi trường, theo chức năng, nhiệm vụ tăng cường thanh tra, kiểm tra việc đầu tư xây dựng các dự án liên quan đến bến bãi, địa điểm tập kết hàng hóa tại khu vực cửa khẩu để kịp thời chấn chỉnh, xử lý theo quy định pháp luật.