Theo bản kết luận điều tra, Cơ quan CSĐT - Bộ Công an cho biết, trong quá trình thanh tra tại Ngân hàng SCB và báo cáo kết quả thanh tra với lãnh đạo NHNN và Chính phủ, Đỗ Thị Nhàn, Trưởng đoàn thanh tra đã nhiều lần gặp gỡ Chủ tịch Tập đoàn Vạn Thịnh Phát (VTP) Trương Mỹ Lan cùng các lãnh đạo SCB và nhận tiền với số lượng đặc biệt lớn, tới 5,2 triệu USD (tương đương 118 tỷ đồng), từ đó bao che, bưng bít, báo cáo không trung thực, không đầy đủ kết quả thanh tra cho NHNN, để NHNN không có đủ thông tin, tài liệu phục vụ tham mưu, chỉ đạo xử lý các sai phạm của Ngân hàng SCB, ngăn chặn hành vi phạm tội của Trương Mỹ Lan và đồng phạm xảy ra tại Ngân hàng SCB, gây hậu quả đặc biệt nghiêm trọng.
Từ ngày 4/12/2018 (ban hành Kết luận thanh tra) đến ngày 17/10/2022 (ngày khởi tố vụ án), SCB cho 173.627 khách hàng vay 570.669 khoản, tổng số gần 772.000 tỷ đồng; trong đó, riêng các khách hàng thuộc nhóm Trương Mỹ Lan có dư nợ đến 17/10/2022 là trên 514.000 tỷ đồng.
Tại Cơ quan điều tra, bị can Trương Mỹ Lan khai: Vào tháng 7/2017, Đinh Văn Thành, Chủ tịch HĐQT và Võ Tấn Hoàng Văn, Tổng giám đốc SCB báo cáo Trương Mỹ Lan về việc Đoàn thanh tra liên ngành sẽ tiến hành thanh tra tại Ngân hàng SCB, việc này sẽ ảnh hưởng lớn đến hoạt động của SCB và các dự án bất động sản đang dư nợ tại Ngân hàng SCB.
Sau khi Đoàn thanh tra vào làm việc, Trương Mỹ Lan giao cho Đinh Văn Thành và Võ Tấn Hoàng Văn thực hiện điều hành và phối hợp với Đoàn thanh tra. Quá trình thanh tra, thông qua Võ Tấn Hoàng Văn và Đinh Văn Thành, Trương Mỹ Lan có hai lần gặp riêng Đỗ Thị Nhàn, Trưởng đoàn thanh tra (một lần tại trụ sở NHNN và một lần tại Khách sạn Daewoo, Hà Nội), nội dung Lan nhờ bà Nhàn cố gắng sớm kết luận thanh tra để các đối tác nước ngoài vào đầu tư và bà Nhàn đã đồng ý.
Cựu Chủ tịch Tập đoàn VTP khai, việc chi tiền cho Trưởng đoàn thanh tra, thành viên Đoàn thanh tra do Võ Tấn Hoàng Văn, Đinh Văn Thành thực hiện, quyết định, Trương Mỹ Lan không biết.
Cũng tại CQĐT, cựu Cục trưởng Cục Thanh tra, giám sát ngân hàng II (NHNN) Đỗ Thị Nhàn khai: Với vai trò là Trưởng đoàn thanh tra, Đỗ Thị Nhàn chỉ đạo chung mọi hoạt động của Đoàn thanh tra, trực tiếp chỉ đạo thanh tra tại Hội sở chính SCB; giám sát các Tổ thanh tra tại các Chi nhánh và là người ra quyết định thanh tra báo cáo lãnh đạo NHNN và báo cáo Chính phủ liên quan đến kết quả thanh tra...
Ngay khi thanh tra Đợt 1, Đỗ Thị Nhàn đã biết rõ thực trạng tài chính rất xấu của SCB và các sai phạm của SCB xảy ra tại hầu hết các nội dung thanh tra, đặc biệt là sai phạm trong hoạt động cấp tín dụng, phân loại nợ xấu và trích lập DPRR, thoái lãi dự thu tại các Dự án, Phương án tái cơ cấu và sai phạm của 20/71 khách hàng có cùng địa chỉ tại số 4 Nguyễn Thị Minh Khai.
Tuy nhiên, trong thời gian này (cuối tháng 10/2017), theo đề nghị của Võ Tấn Hoàng Văn, Tổng giám đốc SCB, Đỗ Thị Nhàn trực tiếp gặp riêng Trương Mỹ Lan tại TP Hồ Chí Minh (tòa nhà Sherwood ở số 127 Pasteur).
Nhàn đã nói cho Lan biết sai phạm SCB qua thanh tra là rất nghiêm trọng, đề nghị Trương Mỹ Lan phải bán bớt tài sản để khắc phục, tất toán, thu hồi nợ tại các khoản vay sai phạm lớn. Lan nhờ Nhàn hỗ trợ, giúp đỡ SCB để sớm ban hành Kết luận thanh tra.
Nhận lời, Đỗ Thị Nhàn trực tiếp chỉ đạo cấp dưới bỏ ngoài số liệu “xấu”, qua đó làm thay đổi toàn bộ các chỉ tiêu tài chính quan trọng của Ngân hàng SCB (nợ xấu, âm vốn chủ sở hữu, lỗ lũy kế, hệ an toàn vốn CAR,...) theo hướng có lợi cho Ngân hàng SCB, sau đó đưa các số liệu chỉnh sửa này vào Báo cáo đoàn thanh tra ghi ngày 11/01/2018, dự thảo Kết luận thanh tra và các Báo cáo gửi Thủ tướng Chính phủ.
Đồng thời, Đỗ Thị Nhàn đã chỉ đạo cấp dưới xây dựng báo cáo lãnh đạo NHNN và Chính phủ tại cuộc họp ngày 24/01/2018, nội dung báo cáo không trung thực, không đúng về sai phạm, vi phạm của Ngân hàng SCB tại các Dự án, phương án tái cơ cấu so với kết quả thanh tra theo hướng giảm nhẹ sai phạm và kiến nghị tạo điều kiện cho Ngân hàng SCB tiếp tục được tái cơ cấu.
Tại nhiều báo cáo lãnh đạo NHNN và Chính phủ sau đó, Đỗ Thị Nhàn tiếp tục chỉ đạo cấp dưới xây dựng dự thảo, chỉnh sửa, hoàn thiện theo hướng cố tình che giấu, gạch bỏ nội dung đưa SCB vào diện Kiểm soát đặc biệt, các sai phạm nêu theo hướng giảm nhẹ cho Ngân hàng SCB, cố ý làm sai lệch về tình hình tài chính rất yếu kém của SCB so với kết quả thanh tra của Đoàn thanh tra và tiếp tục kiến nghị đề xuất tạo điều kiện cho Ngân hàng SCB được thực hiện tái cơ cấu.
Vào cuối tháng 3/2018, trước khi thực hiện thanh tra Đợt 2, Đỗ Thị Nhàn gặp Trương Mỹ Lan tại Hà Nội (Khách sạn Daewoo), nội dung Nhàn trao đổi về việc tiếp tục thanh tra lần 2 đối với sai phạm của nhóm 71 khách hàng và Nhàn đề nghị bà Lan bán tài sản để tất toán ngay dư nợ của các phương án, dự án sai phạm và dư nợ nhóm khách hàng địa chỉ số 4 Nguyễn Thị Minh Khai thì sẽ không bị chuyển hồ sơ sang cơ quan điều tra xử lý. Lan tiếp tục nhờ Nhàn giúp đỡ cho SCB và sớm ban hành Kết luận thanh tra. Lan có ý đưa tiền nhưng Nhàn chưa nhận.
Khi triển khai thanh tra đợt 2, Nhàn thấy phát sinh rất nhiều sai phạm trong hoạt động của SCB nên đã tìm cách giúp để mức độ sai phạm của SCB không phải chuyển sang Cơ quan điều tra.
Đỗ Thị Nhàn thừa nhận: Toàn bộ việc chỉnh sửa, hoàn thiện nội dung, báo cáo không trung thực, không đầy đủ so với kết quả thanh tra tại các báo cáo kết quả thanh tra, dự thảo Kết luận thanh tra và các báo cáo lãnh đạo NHNN và Chính phủ, do vậy lãnh đạo NHNN và Chính phủ không biết được thực trạng, vi phạm, sai phạm của SCB theo đúng kết quả thanh tra.
Về việc nhận tiền từ SCB, cựu Cục trưởng khai, trong thời gian thanh tra tại Ngân hàng SCB, Nhàn đã nhiều lần nhận tiền từ SCB thông qua Đinh Văn Thành, Chủ tịch HĐQT; Võ Tấn Hoàng Văn, Tổng giám đốc và Nguyễn Nam Tuấn (lái xe của Võ Tấn Hoàng Văn), tổng số tiền đã nhận là 5,2 triệu USD.
Cụ thể, giữa cuối tháng 3/2018, Đinh Văn Thành và Võ Tấn Hoàng Văn ra Hà Nội và lên phòng làm việc của Nhàn, tại trụ sở Cơ quan Thanh tra giám sát Ngân hàng (số 25 Lý Thường Kiệt, Hà Nội) đưa cho Nhàn là một túi quả Cherry và một túi đựng 200.000 USD.
Từ tháng 10/2018 đến tháng 12/2018 là giai đoạn dự thảo Kết luận thanh tra, xin ý kiến các Bộ ngành liên quan và sau đó ban hành Kết luận thanh tra tại Ngân hàng SCB, Võ Tấn Hoàng Văn và Nguyễn Nam Tuấn đã mang các thùng xốp đựng tiền USD (có 1 lần nhận thùng xốp đựng 1 triệu USD và 2 lần nhận thùng xốp đựng 2 triệu USD) đến nhà Nhàn tại khu đô thị Mandarin, Trung Hòa, Cầu Giấy, Hà Nội.
Sau mỗi lần đưa tiền tại nhà riêng, Nhàn hỏi Võ Tấn Hoàng Văn là tiền gì, Văn nói là tiền của bà Trương Mỹ Lan cảm ơn Nhàn vì Nhàn đã giúp và hỗ trợ cho SCB trong quá trình thanh tra.
Sau đó, Nhàn lấy tiền cho vào thùng khác, cất giấu trong phòng ngủ riêng tại nhà chứ chưa sử dụng vào việc gì.
Đến khoảng tháng 12/2022, Nhàn đã chia số tiền này, mang 2,6 triệu USD gửi nhờ tại nhà họ hàng của chồng Nhàn ở thành phố Nam Định.
Số tiền còn lại, Nhàn cho vào thùng sắt, khóa lại, mang sang nhà em trai cùng cha khác mẹ với Nhàn ở cùng khu đô thị Mandarin, Trung Hòa, Cầu Giấy, Hà Nội gửi nhờ trong tủ ở phòng ngủ.
Nhàn khẳng định những người nhận tiền của Nhàn nhờ gửi hoàn toàn không biết gì về nguồn gốc số tiền do họ không hỏi và Nhàn tuyệt đối không nói gì.
Sau này, khi làm việc với CQĐT, 1 người bà con của Nhàn đã tự nguyện giao nộp thùng sắt đựng tiền do Nhàn gửi, số tiền thu được là 3 triệu USD.
Còn số tiền 2,6 USD mà Nhàn đem gửi ở Nam Định, vợ chồng người họ hàng bên chồng Nhàn đã mượn 1,4 triệu USD đi mua 1 mảnh đất rộng hơn 300 m2 tại TP.Nam Định và mở 10 thẻ tiết kiệm. Những người này đã tự nguyện giao nộp toàn bộ số tiền 1,2 triệu USD; 10 thẻ tiết kiệm và 1 giấy chứng nhận QSD đất nêu trên; sau đó đã nộp thêm 600.000 USD vào tài khoản tạm giữ của CQĐT để khắc phục hậu quả cho Đỗ Thị Nhàn.
Nhàn cũng khai có nhiều lần liên lạc với Võ Tấn Hoàng Văn để trả lại tiền nhưng Văn không đến nhận.