Trong vụ án này, 2 bị cáo Nguyễn Minh Quân (nguyên Giám đốc Bệnh viện TP.Thủ Đức) và Nguyễn Văn Lợi (Giám đốc Công ty Nguyễn Tâm) bị truy tố về 2 tội tham ô tài sản và rửa tiền; Nguyễn Trần Ngọc Diễm (vợ Quân) bị truy tố về tội rửa tiền; 6 bị cáo đồng phạm còn lại (nguyên nhân viên Bệnh viện TP.Thủ Đức) bị truy tố về tội vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng.
Theo cáo trạng, lợi dụng chức vụ Giám đốc Bệnh viện TP.Thủ Đức, Nguyễn Minh Quân đã chỉ đạo Nguyễn Văn Lợi thành lập 4 công ty để tham gia các gói thầu mua sắm trang thiết bị y tế phục vụ công tác khám chữa bệnh. Khi tham gia đấu thầu, Quân chỉ đạo Lợi giao cho nhân viên lập các hợp đồng mua bán khống, lòng vòng giữa các công ty trong nhóm để nâng giá thiết bị, máy móc cao hơn giá thị trường. Sau đó, các đối tượng sử dụng 3 công ty do Lợi quản lý để nộp hồ sơ dự thầu với giá máy móc, thiết bị đã được nâng khống. Khi làm hồ sơ, Lợi chỉ đạo cấp dưới cố tình làm một hồ sơ tốt hơn 2 hồ sơ còn lại, mục đích để một công ty trúng thầu.
Đồng thời, Nguyễn Minh Quân còn chỉ đạo, gây sức ép với nhân viên dưới quyền và thông đồng với Lợi để lập, hoàn thiện các thủ tục hợp thức hồ sơ đấu thầu nhằm ấn định cho công ty "sân sau" trúng 27 gói thầu, được Bệnh viện TP.Thủ Đức thanh toán theo giá đã nâng khống. Ngay sau khi bệnh viện thanh toán tiền cho các công ty trúng thầu, Quân chỉ đạo Lợi rút tiền mặt và chuyển khoản vào các tài khoản để chiếm đoạt tổng cộng hơn 103 tỷ đồng. Để che giấu số tiền chiếm đoạt, Quân yêu cầu Lợi chuyển tiền vào tài khoản ngân hàng đứng tên Lợi (do Quân sử dụng); vào các tài khoản cá nhân của Diễm để Diễm đứng tên mua nhiều tài sản và sử dụng. Bị cáo Diễm phải chịu trách nhiệm đối với số tiền đã nhận để sử dụng cá nhân và mua tài sản là 67,9 tỷ đồng.
Hành vi của bị cáo Quân được cáo trạng xác định là đã tham gia trực tiếp hoặc gián tiếp vào giao dịch tài chính, ngân hàng hoặc giao dịch khác nhằm che giấu nguồn gốc bất hợp pháp của tiền, tài sản do mình phạm tội mà có; sử dụng tiền do mình phạm tội mà có tiến hành hoạt động kinh doanh hoặc hoạt động khác; phạm vào tội rửa tiền. Tại cơ quan điều tra, Quân chưa thành khẩn khai báo, đổ lỗi, đùn đẩy trách nhiệm cho cấp dưới. Do đó, Viện KSND TPHCM đề nghị cần xử lý nghiêm để bảo đảm tính răn đe và phòng ngừa chung.
Đối với những bị cáo khác từng công tác tại Bệnh viện TP.Thủ Đức, mặc dù biết rõ các công ty tham gia đấu thầu đều là công ty "sân sau" của Quân và do Lợi quản lý, nhưng vẫn thông đồng với Lợi thực hiện các hành vi gian lận trong hoạt động đấu thầu, ấn định cho nhóm công ty do Lợi quản lý trúng thầu 27 gói thầu, gây thiệt hại tài sản nhà nước 81 tỷ đồng. Ngoài ra, 2 bị cáo Nguyễn Lan Anh và Nguyễn Thị Ngọc (đều là nguyên Giám đốc Bệnh viện TP.Thủ Đức) còn được Lợi chi tiền bồi dưỡng cá nhân, hỗ trợ các khoa, phòng do Ngọc và Lan Anh quản lý. Trong đó, Lan Anh nhận 784 triệu đồng, Ngọc nhận 1,4 tỷ đồng để sử dụng cá nhân và chi cho hoạt động tập thể.