Ở giai đoạn 1, Bộ Công an đã kết thúc điều tra, chuyển hồ sơ sang VKSND Tối cao.

Cơ quan công tố sau đó đã ban hành cáo trạng truy tố bà Trương Mỹ Lan và 85 bị can khác. Trong đó, bà Trương Mỹ Lan bị truy tố về các tội Tham ô tài sản, Đưa hối lộ và Vi phạm quy định về cho vay trong hoạt động của các tổ chức tín dụng.

Cáo trạng của VKSND Tối cao kết luận, từ năm 2012 đến tháng 10/2022, bà Trương Mỹ Lan đã thâu tóm, nắm giữ từ 85% đến 91,5% cổ phần Ngân hàng SCB.

Từ đó, bị can trở thành cổ đông có "quyền lực" để chỉ đạo, điều hành, thao túng toàn bộ hoạt động của Ngân hàng SCB, phục vụ cho các mục đích khác nhau của mình.

Chủ tịch Tập đoàn Vạn Thịnh Phát và đồng phạm bị cáo buộc đã thực hiện một chuỗi hành vi gồm: Tuyển chọn, bố trí nhân sự thân tín của mình vào các vị trí chủ chốt tại Ngân hàng SCB; thành lập một số đơn vị thuộc Ngân hàng SCB chuyên trách cho vay, giải ngân theo yêu cầu của Trương Mỹ Lan; thành lập, sử dụng hàng nghìn công ty "ma", thuê nhiều cá nhân; câu kết với các cá nhân đứng đầu nhiều doanh nghiệp liên quan để thực hiện tội phạm; Thông đồng với nhiều công ty thẩm định giá để nâng khống giá trị tài sản bảo đảm; tạo lập số lượng rất lớn hồ sơ vay vốn khống để rút tiền từ Ngân hàng SCB; lập phương án rút tiền, "cắt đứt" dòng tiền sau giải ngân; bán nợ xấu, bán các khoản cấp tín dụng trả chậm để giảm dư nợ tín dụng, giảm nợ xấu, để che giấu sai phạm; mua chuộc, tác động người có chức vụ, quyền hạn trong cơ quan Nhà nước làm trái công vụ.

Từ đó, bà Lan và đồng phạm, với những vị trí, vai trò khác nhau, đã thực hiện nhiều tội phạm xâm phạm về sở hữu, xâm phạm hoạt động của ngân hàng, hoạt động đúng đắn của cơ quan Nhà nước.

Trong đó, cơ quan tố tụng xác định nhiều hành vi được thực hiện dưới dạng đồng phạm có tổ chức với thủ đoạn tinh vi, xảo quyệt, gây hậu quả đặc biệt nghiêm trọng, chiếm đoạt và gây thiệt hại số tiền đặc biệt lớn.