Theo kết luận điều tra bổ sung vụ Đại học Đông Đô, Cơ quan An ninh điều tra, Bộ Công an đã lập danh sách, cung cấp cho Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao (kèm theo hồ sơ vụ án) 203 trường hợp được Đại học Đông Đô cấp bằng giả.
Cơ quan An ninh điều tra tiếp tục đề nghị Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao truy tố 10 bị can về tội "Giả mạo trong công tác" xảy ra tại Đại học Đông Đô, gồm Dương Văn Hòa (nguyên Hiệu trưởng); Trần Kim Oanh (nguyên Phó Hiệu trưởng kiêm Phó Viện trưởng Viện Đào tạo liên tục); Lê Ngọc Hà (Phó Hiệu trưởng); Trần Ngọc Quang (Phó trưởng Phòng Quản lý đào tạo và quản lý sinh viên); Nguyễn Thị Huệ (nguyên Trưởng Phòng Tài chính, kế toán); cùng các cán bộ của trường gồm Phạm Vân Thùy, Lê Thị Thanh Tâm, Nguyễn Thị Ngọc Thái, Ngô Quang Hiển và Lê Thị Lương.
Trong vụ án này, Trần Khắc Hùng (sinh năm 1972, Chủ tịch Hội đồng quản trị Trường Đại học Đông Đô) và đồng phạm đã lợi dụng những sơ hở, thiếu sót trong công tác quản lý việc tuyển sinh, đào tạo, cấp bằng đối với hệ văn bằng 2; lợi dụng chính sách tự chủ giáo dục đại học để thực hiện hành vi vi phạm pháp luật; cấp văn bằng 2 tiếng Anh giả cho số lượng lớn các cá nhân có nhu cầu.
Tuy nhiên, vào thời điểm khởi tố, bị can Hùng bỏ trốn, hiện đang bị truy nã. Cơ quan An ninh điều tra, Bộ Công an đã tạm đình chỉ điều tra vụ án, tạm đình chỉ điều tra bị can đối với bị can Trần Khắc Hùng, khi bắt được sẽ xử lý sau.
Theo kết luận điều tra bổ sung, ngoài 193 người được Đại học Đông Đô cấp văn bằng 2 tiếng Anh giả đã nêu trong kết luận trước đó, còn có 10 cá nhân khác được trường này cấp bằng giả. Vì vậy, có cơ sở kết luận Đại học Đông Đô đã cấp văn bằng 2 tiếng Anh giả cho 203 trường hợp.
Về xử lý hậu quả việc làm, cấp bằng giả, kết luận điều tra bổ sung cho biết, đối với 58 trường hợp sử dụng văn bằng 2 tiếng Anh giả của Trường Đại học Đông Đô, ngày 12/11/2020, Cơ quan An ninh điều tra đã có văn bản kiến nghị đơn vị chủ quản của người sử dụng văn bằng và cơ sở giáo dục mà các cá nhân này nộp văn bằng để làm hồ sơ học thạc sỹ, tiến sỹ xử lý sai phạm, khắc phục hậu quả theo quy định.
Đến nay, đã có 43 trường hợp đã có kết quả xử lý. Còn 15 trường hợp cá nhân sử dụng văn bằng chưa có kết quả xử lý, Cơ quan An ninh điều tra đã có văn bản đề nghị các đơn vị chủ quản sớm xử lý, cung cấp kết quả, nhưng nội dung này không ảnh hưởng đến việc truy tố, xét xử đối với các bị can.
Trước đó, Bộ Công an đã kêu gọi các cá nhân đã được Trường Đại học Đông Đô cấp bằng giả chủ động trình báo, cung cấp thông tin nhằm phục vụ công tác điều tra.
Thủ tướng Nguyễn Xuân Phúc cũng đã giao Bộ Công an chủ trì, phối hợp các cơ quan liên quan chỉ đạo đơn vị chức năng khẩn trương truy bắt đối tượng Trần Khắc Hùng; xác minh, làm rõ những sai phạm liên quan của các đơn vị, cá nhân thuộc Bộ Giáo dục và Đào tạo trong vụ án "Giả mạo trong công tác" xảy ra tại Trường Đại học Đông Đô, nếu có dấu hiệu của tội phạm phải khởi tố điều tra để xử lý nghiêm theo quy định của pháp luật, không bỏ lọt tội phạm.