Theo cáo trạng, từ năm 2006 đến 2017, Ngân hàng Nhà nước chi nhánh Đồng Nai đã cấp phép thành lập 6 quỹ tín dụng nhân dân, gồm: Thanh Bình, Tân Tiến, Dầu Giây, Quảng Tiến, Thái Bình và Gia Kiệm. Với vai trò Giám đốc Ngân hàng Nhà nước chi nhánh Đồng Nai trong giai đoạn 2014 - 2017, ông Tuấn và cấp phó là Võ Khắc Hiển đã không thực hiện hết trách nhiệm trong việc kiểm tra giám sát hoạt động của 6 quỹ tín dụng trên, để xảy ra hàng loạt sai phạm như: huy động tiền gửi với lãi suất cao, chi trả lãi suất ngoài hợp đồng trái quy định; lập các báo cáo kiểm soát định kỳ sai sự thật; lập 2 hệ thống sổ sách kế toán, để ngoài phần lớn vốn huy động tiền gửi của khách hàng; làm giả hồ sơ vay vốn, nâng khống hạn mức cho vay; lấy tiền huy động của khách hàng đem gửi tiết kiệm tại các ngân hàng thương mại đứng tên cá nhân với mục đích rút tiền ra khỏi các tổ chức tín dụng... dẫn tới gây thiệt hại hơn 1.350 tỷ đồng.
Điển hình, tháng 11/2016, Văn Văn Nghĩa dù đang làm Chủ tịch HĐQT Quỹ tín dụng nhân dân Tân Tiến đã thỏa thuận mua lại Quỹ tín dụng nhân dân Thanh Bình giá 30 tỷ đồng với mục đích sử dụng 120 tỷ đồng của quỹ này để đầu tư vào dự án của Công ty Văn Tiến Nghĩa do mình lập ra. Do Nghĩa không thể một lúc làm Chủ tịch HĐQT hai quỹ tín dụng nên đã cho vợ là Trần Thị Hồng Lan đứng tên làm Chủ tịch HĐQT quỹ tín dụng Thanh Bình.
Mặc dù thời điểm này thanh tra viên của Phòng thanh tra giám sát Ngân hàng Nhà nước có báo cáo kết quả thẩm tra xác định là bà Lan chưa đủ điều kiện để chấp thuận vào chức Chủ tịch HĐQT Quỹ tín dụng Thanh Bình, song ông Tuấn vẫn phê duyệt vào báo cáo thẩm định hồ sơ với nội dung "chấp thuận nhân sự" đối với bà Lan. Đến tháng 6/2017, quá trình thanh tra đã phát hiện gần 100 hồ sơ tín dụng do bà Lan ký tên có dấu hiệu là hồ sơ khống. Số tiền dư của quỹ tín dụng Thanh Bình gửi tại các tổ chức tín dụng khác là 193 tỷ đồng, nhưng xác thực tại quỹ chỉ khoảng 50 tỷ đồng.
Cán bộ thanh tra đã có văn bản đề nghị Tuấn tiếp tục kiểm tra, xác minh hồ sơ Quỹ tín dụng Thanh Bình nhưng ông này đã bút phê chỉ đạo "hồ sơ đã tất toán nên không cần xác minh". Ngoài ra, Tuấn còn bỏ qua những lỗi vi phạm của quỹ tín dụng này như: thực hiện quy chế cho vay, cá nhân đứng tên để gửi tiền sau đó vay để sử dụng có nguy cơ mất khả năng chi trả. Theo cơ quan công tố, việc ông Tuấn không áp dụng hình thức kiểm soát đặc biệt để xử lý sai phạm và bỏ qua các lỗi vi phạm dẫn đến tháng 11/2017, Quỹ tín dụng Thanh Bình mất khả năng chi trả, vỡ nợ, gây thiệt hại hơn 275 tỷ đồng.
Đối với Quỹ tín dụng Tân Tiến, ngày 10/2/2014, Ngân hàng Nhà nước chi nhánh Đồng Nai ban hành kế hoạch thanh tra nhưng ông Tuấn không cho thanh tra theo kế hoạch mà điều chỉnh thanh tra sang năm 2015. Từ năm 2015 và 2016, các báo cáo giám sát chỉ ra dấu hiệu mất an toàn của quỹ tín dụng Tân Tiến nhưng ông Tuấn vẫn không cho thực hiện thanh tra. Đến tháng 4/2017, ông Tuấn chỉ đạo cấp dưới là Võ Khắc Hiển và Lê Xuân Hưởng (Phó Chánh thanh tra, giám sát) xuống làm việc kiểm tra nắm tình hình. Sau đó, ông Tuấn biết quỹ Tân Tiến có nhiều sai phạm nhưng vẫn chỉ đạo không thanh tra mà ký văn bản đóng dấu "mật" yêu cầu Quỹ tín dụng Tân Tiến chấn chỉnh khắc phục các sai phạm. Đến tháng 11/2017, quỹ tín dụng này vỡ nợ, gây thiệt hại gần 810 tỷ đồng.
Cơ quan điều tra xác định, Quỹ tín dụng Quảng Tiến có hành vi huy động vốn lãi suất cao, lập báo cáo kiểm soát định kỳ sai sự thật. Đặc biệt, từ năm 2014 đến 2017, Ngân hàng Nhà nước chi nhánh Đồng Nai không thanh tra nên không phát hiện vi phạm dẫn đến Nguyễn Tiến Lâm (Giám đốc quỹ tín dụng Quảng Tiến) rút tiền để chiếm đoạt, gây thiệt hại hơn 130 tỷ đồng. Cũng trong thời điểm này, các Quỹ tín dụng Thái Bình, Dầu Giây, Gia Kiệm trong quá trình hoạt động đã huy động vốn lãi suất cao, lập hồ sơ khống nhằm hợp thức hóa hồ sơ vay vốn để rút tiền của khách hàng gửi tiết kiệm, lập khống số tiền gửi... dẫn đến vỡ nợ, mất khả năng chi trả tổng số tiền hơn 95 tỷ đồng.
Với các hành vi trên, Trần Quốc Tuấn và Võ Khắc Hiển bị cáo buộc không thanh tra, hoặc can thiệp vào kết quả thanh tra để nhiều quỹ tín dụng sai phạm gây vỡ nợ hơn 1.350 tỷ đồng. Chiều 27/11, HĐXX đã tuyên phạt bị cáo Tuấn 7 năm tù giam; Hiển 3 năm tù giam.