Cải tạo kênh, rạch có hai vấn đề: Vấn đề thứ nhất là ở khu đô thị mới, ngay từ đầu TP cần đặt yêu cầu cao về việc xử lý ô nhiễm trước khi xả thải ra kênh, rạch.

Vấn đề thứ hai là khu đô thị hiện hữu, việc cải tạo sẽ gặp khó khăn hơn nhiều do hệ thống cũ tồn tại, không đồng bộ và không đáp ứng giữ gìn vệ sinh môi trường. Vấn đề này cần sự chung tay của Nhà nước, doanh nghiệp và người dân sống ở khu vực. Cùng với đó Nhà nước phải có cơ sở pháp lý để phạt nặng những người không có ý thức xả thải trực tiếp ra kênh, rạch.