TS Tulio de Oliveira ở Trường Y khoa Nelson Mandela, Durban (Nam Phi) - Ảnh: NYT
Kết quả xét nghiệm PCR không phát hiện nguyên nhân bất thường. Đây là dấu hiệu cho thấy có điều gì đó ở virus đã thay đổi. Vài ngày sau, phòng bệnh học phân tử của Lancet ở Johannesburg cũng phát hiện hiện tượng tương tự.
Phát hiện biến thể bất thường trong 36 tiếng
TS bệnh học Allison Glass làm việc cho Lancet nhận thấy lúc đó số ca dương tính với COVID-19 cũng gia tăng ở một số địa phương.
Tại tỉnh Gauteng (bao gồm Johannesburg), vào đầu tháng 11 chưa tới 1% dương tính trong số ca xét nghiệm nhưng hai tuần sau con số này đã tăng lên 6% rồi vọt lên 16% vào hạ tuần tháng 11-2021.
Cùng lúc đó, nhóm nghiên cứu của Trung tâm Ứng phó với dịch bệnh và cải tiến (CERI) tại Đại học Stellenbosch ở Western Cape (Nam Phi) cũng ghi nhận hiện tượng bất thường kể trên.
GS.TS tin sinh học Tulio de Oliveira là giám đốc CERI đồng thời là người phụ trách Mạng lưới giám sát bộ gene ở Nam Phi (NGS-SA).
Mạng lưới gồm bảy cơ sở phân bố khắp Nam Phi. Anh và Nam Phi là hai quốc gia lớn trên thế giới triển khai bộ máy giám sát bộ gene virus SARS-CoV-2 trên toàn quốc sớm nhất vào tháng 4-2020.
Trả lời báo The New Yorker (Mỹ), TS De Oliveira kể ban đầu ông đã quan sát thấy số ca nhiễm ở tỉnh Gauteng tăng nhẹ rồi dần dần tăng cao. Ông gặp các nhà khoa học trong NGS-SA và đề nghị họ tìm hiểu lý do. Đến ngày 19-11, ông quyết định phải tăng cường giám sát gene ở tỉnh Gauteng.
Ba ngày sau, một thành viên trong nhóm nghiên cứu thông báo phòng xét nghiệm Lancet Laboratories gửi đến sáu bộ gene của một mẫu virus có tính đột biến rất cao.
Khi xem xét các bộ gene, họ khá lo lắng vì phát hiện một đầu dò xét nghiệm PCR bị lỗi (xét nghiệm PCR vẫn hoạt động vì có tới ba đầu dò). Họ tra cứu kho dữ liệu quốc gia và nhận ra lỗi này đang gia tăng ở rất nhiều xét nghiệm PCR khác.
Để xác định xem lỗi này có phổ biến rộng rãi hay không, TS De Oliveira đề nghị các cộng sự lấy mẫu từ các phòng xét nghiệm khác. Sau đó, họ đã khẳng định có thể đây là một biến thể virus mới đột biến.
TS De Oliveira bèn gọi điện thoại thông báo cho tổng giám đốc Bộ Y tế Nam Phi. Ông này trả lời sẽ sắp xếp một cuộc họp với bộ trưởng y tế sau 36 tiếng nữa.
Song song đó, De Oliveira gửi thư thông báo cho Tổ chức Y tế thế giới (WHO) bởi ông là thành viên trong nhóm nghiên cứu về quá trình tiến hóa virus của WHO.
TS De Oliveira đã tận dụng 36 tiếng này để tiếp tục kiểm tra xem có đúng là biến thể virus mới hay không. Sáng hôm sau, nhóm nghiên cứu của ông nhận được hơn 100 mẫu được chọn ngẫu nhiên từ hơn 30 cơ sở y tế ở tỉnh Gauteng.
Họ bắt đầu xác định kiểu gene và phân tích đặc tính đột biến của virus. Họ liên kết với các dữ liệu đã biết và nhận ra đúng là một biến thể mới xuất hiện rất đột ngột.
Kết quả xét nghiệm toàn bộ bộ gene cho thấy tất cả các mẫu đều có chung một biến thể bất thường. Biến thể mới bao gồm rất nhiều đột biến và liên quan đến các dữ liệu dịch tễ học đáng lo ngại.
Trong số dữ liệu này có dữ liệu về tình trạng tái nhiễm cho thấy biến thể mới có khả năng tái nhiễm bệnh cho người bị nhiễm.
Đến lúc này ông đã có đủ tự tin để trình bày kết quả nghiên cứu với bộ trưởng y tế và bộ trưởng khoa học và đổi mới. Hai bộ trưởng đánh giá kết quả nghiên cứu rất nghiêm túc và yêu cầu ông trao đổi trực tiếp với tổng thống vào lúc 10h30 sáng.
Phòng xét nghiệm tư nhân Lancet Laboratories - Ảnh: David McKenzie
Tổng thống yêu cầu minh bạch
Tổng thống Nam Phi Cyril Ramaphosa xem xét kết quả nghiên cứu và lấy ý kiến thêm từ các bộ trưởng. Chẳng mấy chốc báo chí đã loan tin một biến thể virus có thể mới xuất hiện ở Nam Phi.
Tổng thống bèn đưa ra câu trả lời đơn giản: "Chúng ta nên giới thiệu biến thể mới một cách minh bạch vì chúng ta đã có đủ bằng chứng", đồng thời yêu cầu bộ trưởng y tế tổ chức họp báo vào trưa hôm đó.
Ngày 24-11, TS De Oliveira tiến hành cuộc thảo luận đầu tiên với WHO đồng thời thảo luận dữ liệu với vài nhà sinh học tiến hóa virus hàng đầu thế giới ở Anh và Mỹ.
Các nhà khoa học đều quan tâm đến số lượng và vị trí của các đột biến. Hai ngày sau, ông công bố hàng trăm bộ gene và dữ liệu đồng thời tham dự cuộc họp của nhóm công tác kỹ thuật về quá trình tiến hóa virus của WHO.
Nhóm đã đề nghị đưa biến thể mới vào nhóm các virus đáng lo ngại (VoC) chung danh sách với biến thể Delta (B.1.617.2). Sau đó, WHO chính thức phát thông cáo báo chí về biến thể mới và đặt tên là Omicron (B.1.1.529).
TS Tulio de Oliveira và nhóm nghiên cứu của ông là các nhà khoa học đầu tiên thông báo với WHO và các cơ quan chức năng khác về biến thể mới Omicron. Lúc bấy giờ, một số ít ca nhiễm Omicron đầu tiên cũng đã được ghi nhận tại Botswana và đặc khu Hong Kong nhưng hầu hết các ca nhiễm Omicron đều ở Nam Phi.
Theo TS De Oliveira, tình hình COVID-19 ở Nam Phi được chia làm hai giai đoạn. Trong tháng 10-2021, mức nhiễm tối thiểu với khoảng 200 ca nhiễm mỗi ngày và tỉ lệ dương tính dưới 1%.
Một số nhà khoa học Nam Phi cho rằng đợt dịch thứ tư sẽ không bùng phát vì mức miễn dịch cộng đồng đã tăng cao. Ai cũng tin rằng có thể quay lại cuộc sống bình thường mới. Ngay cả phòng xét nghiệm của ông cũng lo giải trình tự gene các mầm bệnh khác.
Ông nhớ lại: "Vì vậy chúng tôi rất ngạc nhiên khi nhận thấy có biến thể xuất hiện tại một nơi có mức miễn dịch cộng đồng cao nhất nước. Một số người đổ lỗi biến thể mới xuất hiện do có người ngại tiêm vắc xin... Thật không may, biến thể mới xuất hiện và rõ ràng có thể gây tái nhiễm. Đây có thể là cây đinh cuối cùng đóng vào cỗ quan tài miễn dịch cộng đồng...".
Hiện nay, các nhà khoa học biết rất ít về biến thể Omicron. TS De Oliveira bộc bạch: "Vấn đề then chốt nhất cần phải trả lời là những người đã nhiễm biến thể Omicron dù đã từng bị nhiễm COVID-19 hoặc đã tiêm vắc xin trước đó có phát triển bệnh nghiêm trọng hay không?".
Ông cho rằng sẽ khó có câu trả lời trong vài tuần tới vì cần có thời gian để những người bị nhiễm biến thể Omicron xuất hiện các triệu chứng đến mức nhập viện.
Từ khi đại dịch COVID-19 bắt đầu, các phòng thí nghiệm ở châu Phi đã tải gần 12.000 bộ gene lên cơ sở dữ liệu GISAID so với 280.000 bộ gene từ Bắc Mỹ, lục địa có dân số chưa tới phân nửa dân số châu Phi. Khoảng 50% số bộ gene châu Phi tải lên đến từ Nam Phi và phòng thí nghiệm của TS De Oliveira là đầu mối cung cấp dữ liệu.
Trong thời gian gần đây, TS De Oliveira đã cố gắng thay đổi điều đó. Đầu tháng 12-2020, phòng thí nghiệm của ông đã xác định biến thể mới Beta (B.1.351).
Đầu năm 2021, phòng thí nghiệm hợp tác với Trung tâm Kiểm soát và phòng ngừa dịch bệnh châu Phi bắt đầu tiếp nhận mẫu từ 10 quốc gia ở miền nam châu Phi. Trung tâm Xuất sắc châu Phi về bộ gene các bệnh truyền nhiễm ở Nigeria (ACEGIP) là phòng thí nghiệm thứ hai quản lý khu vực miền bắc châu Phi.
Sáng kiến này đã giúp tăng gấp đôi số lượng bộ gene virus được giải mã trình tự ở châu Phi so với năm 2020 (chỉ tiêu sản xuất 50.000 bộ gene).
********
Nhận dạng virus lạ từ động vật lây sang người rất khó, do đó nhiều dự án hợp tác quốc tế ra đời. Có dự án lo tìm virus, dự án khác chuẩn bị vắc xin cho đại dịch sau COVID-19.
>> Kỳ tới: Virus lạ âm thầm gieo rắc
Thợ săn virus - Những người săn lùng hiểm họa - Kỳ 4: Biệt đội săn biến thể virus mới TTO - Vào thời điểm biến thể Delta tung hoành ở Ấn Độ từ tháng 2-2021 với số người chết ngày càng tăng, không khí lo lắng bao trùm trung tâm nghiên cứu của Hãng dược phẩm Pfizer ở Pearl River (phía bắc New York).